纤毛虫属纤毛门（Cipophora），大多数纤毛虫在生活史的各个阶段都有纤毛，以纤毛作为运动细胞器。纤毛在虫体表面有节律地顺序摆动，形成波状运动，加之纤毛在排列上稍有倾斜，因而推动虫体以螺旋形旋转的方式向前运动。虫体也可依靠纤毛逆向摆动而改变运动方向，向后移动等。在虫体的近前端有一明显的胞口，下接胞咽，后端有一个较小的胞肛。多数纤毛虫营自生生活，少数可寄生于无脊椎动物和脊椎动物的消化道内。与医学有关的仅有结肠小袋纤毛虫。